ご指摘の通り、サブマシンガンを利用する理由として貫通弾による二次被害を最小限に留める点が大きいといえます。
そのため駅や空港など大勢の人々が利用する施設の警備ではサブマシンガンが好まれます。
最近米陸軍がサブマシンガンを新規採用したのも、携帯性、隠匿性、近距離での火力、作戦時の二次被害(コラテラルダメージ)などを理由として挙げています。
しかし、アジア地域ではサブマシンガンが多く利用されている一方で、アメリカやヨーロッパではライフルの配備が進んでいます。
ライフルを装備するテロリストやアクティブシューターに対しては、ライフルの射程や火力が有効です。
理想は「サブマシンガンかライフルか」という二択ではなく、作戦内容や警備場所によって銃を使い分けるのがベストですが、それには装備や訓練に掛かるコストの問題もあります。
私の個人的な考えでは、日本の環境や状況を考慮して日本警察特殊部隊がサブマシンガンを装備するのは賛成なのですが、広い土地で人口も少ない原発警備にサブマシンガンを装備するのは、海外と比較しても違和感があります。
とはいえ、原発警備では自衛隊との共同訓練も行っているので、状況に合わせて適材適所の作戦が実行できれば大きな問題ではないかもしれません。