問題になるかどうかは使用弾薬次第のため、問題にならない弾薬が使用されることを期待します。
米軍を例にすると、銃身長14.5インチのM4カービンで使用されるM855A1は、M16の20インチバレルで出せる弾速を14.5インチバレルで出せるように調整されています。
本来、弾速を得るためには銃身長が必要とされますが、従来のM855より腔圧のピークが薬室側で到達する設計にすることで、NATOのスペックを超える腔圧により短い銃身長でも必要な弾速を得ています。
これはパーツを消耗させるデメリットがあり、弾速を得るために負荷を掛けている状態です。
自衛隊がどの程度のパフォーマンスを目指しているのか分かりませんが、13インチで3000fpsを超える弾速を得るには相応の対応が必要になります。