ボディーアーマーを貫通させることを目的とする場合においては、どちらの弾薬でも貫通不能となれば、どちらも目的を達成できないという意味で同じです。(アーマーの変形によるダメージを狙う場合を除きます)
しかし現実的にはターゲットが着用しているボディーアーマーの種類やレベルを事前に知ることは殆ど無いため、より貫通力の高い7.62x51mmの方が優位と言えます。
SOCOMがSCAR-Hを採用したことも、敵のボディーアーマーを貫通させることが採用の理由の一つになっています。
ただしこれは状況にもよって異なり、交戦時はターゲットに命中させることが最も難しいため、先ずはターゲットに命中させることが優先されます。
反動が大きく速射時のコントロールが難しい7.62x51mmを使用し、5.56x45mmより命中率が低下するような運用方法であれば、5.56x45mmを使用する方が合理的です。
ターゲットに命中させることができれば、ボディーアーマーで守られていない部分に命中する確率も高くなります。
>ボディアーマーを装着した目標への対処マニュアルなような物はあるのでしょうか?
軍事作戦では主にスナイパー用として事前に敵がボディーアーマーを着用している場合や軽装甲をターゲットとして想定される場合はそれに対応した弾薬が選択されることがありますが、法執行機関においては私はそういったマニュアルの存在を見聞きしたことがありません。