昨年の夏、SilencerCo社がショットガン専用サプレッサー「サルボ12(Salvo 12)」を発表しました。
通常のサプレッサーでは複数の仕切りで減音しますが、仰るとおり散弾だとショットやワッズが仕切りに干渉します。
そのためサルボ12では使用できるショットを00~#9に限定し、サプレッサー内に「スムースロッド」と呼ばれる9本の棒を弾の通り道を囲うようにして配置しました。
発射されたショットはワッズに包まれた状態でバレル内を進み、サプレッサー内を通過中は周囲のロッドがワッズの展開を防ぐのでショットが仕切りに干渉しません。
参考までに内部構造が分かる動画です。
発射されたショットとワッズ
http://cutlerscove.com/neat-stuff/shotshells/images/shotgun-shot-sequence-2a.jpg