戦車砲弾については以前に「次世代の戦車砲?」でも回答しましたが、口径の違いでメリットがあるため統一する必用があるのか疑問です。
機関砲弾についても想定するターゲットの種類、発射速度、射程距離、携行弾数などの条件を考慮して使用弾薬が選択されているため、異なる口径に変更すると必要な効果やメリットが得られなくなるリスクもあります。
また、車体/機体と火砲を全て自国で設計製造する場合は統一する方法も考えられますが、ライセンス生産の場合は非合理的かもしれません。
契約内容が不明な以上、契約上変更可能なのかわかりませんが、仮に設計を変更して搭載火砲の口径を変更した場合、単純にライセンス生産の場合と比較するとコストが跳ね上がる可能性もあります。
自衛隊の使用弾薬の種類が多いとのことですが、アメリカやドイツでも20mm、25mm、30mmを使用していますし、国際的には標準的な弾種の多さだと思われます。