>銃把の材質を変えたり、チークパッドを取り付けたり、ドットサイトを載せたり、上部レールを装着したり、トリガープルを軽くしたり、銃身を延長したり
これは可能です。
替え銃身は登録が必要になります。
>フラッシュハイダー
反動を軽減する目的のマズルブレーキは装着可能ですが、フラッシュハイダーはどうでしょう?
アウトな気もしますが私は国内事情に詳しくないので分かりかねます。
>壊れた/摩耗したパーツを交換
パーツ交換は問題ありません。
ただ、所持許可を得た内容と異なる場合は不法所持になるため、内容によっては生活安全課で所持許可証の書換え申請が必要です。
詳しくはお近くの銃砲店にお問い合わせください。